COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 21.780931 21.780931 22.846123
2020-12-22 17:00:00 24.207503 24.207503 22.854569
2020-12-21 17:00:00 25.679059 22.841816 22.884217
2020-12-20 17:00:00 23.492083 23.492083 23.017638
2020-12-19 17:00:00 21.711577 21.711577 23.153571
2020-12-18 17:00:00 -18.615431 23.492083 23.248160
2020-12-17 17:00:00 22.575454 22.575454 23.347998

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 26.288660 26.288660 20.299910
2020-12-22 17:00:00 11.977716 30.083565 20.661764
2020-12-21 17:00:00 14.953271 14.953271 20.841936
2020-12-20 17:00:00 18.336163 18.336163 20.353498
2020-12-19 17:00:00 16.369360 16.369360 20.224461
2020-12-18 17:00:00 19.894829 19.894829 20.267559
2020-12-17 17:00:00 15.648855 15.648855 20.459668

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 14.754098 14.754098 14.811329
2020-12-22 17:00:00 11.382114 11.382114 13.918672
2020-12-21 17:00:00 10.917031 31.222707 13.373180
2020-12-20 17:00:00 17.936118 17.936118 12.582954
2020-12-19 17:00:00 20.820189 20.820189 11.840117
2020-12-18 17:00:00 -0.127023 10.224090 11.408614
2020-12-17 17:00:00 11.994322 10.324910 10.867437

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 8.682360 10.046620 9.745886
2020-12-22 17:00:00 12.102243 12.102243 9.548366
2020-12-21 17:00:00 8.136095 9.347319 9.515379
2020-12-20 17:00:00 11.630322 11.630322 9.502654
2020-12-19 17:00:00 9.709193 9.709193 9.321108
2020-12-18 17:00:00 8.354615 8.354615 9.105409
2020-12-17 17:00:00 6.573541 6.573541 8.956123

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 22.838185 22.838185 11.850920
2020-12-22 17:00:00 80.796731 80.796731 11.207571
2020-12-21 17:00:00 8.983359 8.983359 10.816290
2020-12-20 17:00:00 7.026260 7.026260 10.656421
2020-12-19 17:00:00 8.345058 8.345058 10.598856
2020-12-18 17:00:00 12.772519 12.772519 10.617141
2020-12-17 17:00:00 8.382313 8.382313 10.637044

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 23.693599 33.945435 33.209595
2020-12-22 17:00:00 26.200676 26.200676 33.179192
2020-12-21 17:00:00 43.092728 34.346046 33.633744
2020-12-20 17:00:00 37.900433 37.900433 33.839206
2020-12-19 17:00:00 34.088076 34.088076 33.634295
2020-12-18 17:00:00 37.430287 37.430287 33.154722
2020-12-17 17:00:00 35.035729 35.035729 32.965072

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 33.311646 33.311646 32.980879
2020-12-22 17:00:00 28.940432 28.940432 33.431289
2020-12-21 17:00:00 29.683698 83.029197 32.876738
2020-12-20 17:00:00 35.224839 35.224839 32.718633
2020-12-19 17:00:00 20.020555 20.020555 33.191314
2020-12-18 17:00:00 inf NaN 33.507674
2020-12-17 17:00:00 36.480908 36.480908 33.598026

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 16.004060 21.214684 20.196981
2020-12-22 17:00:00 24.622443 24.622443 19.894939
2020-12-21 17:00:00 24.486893 24.486893 19.611908
2020-12-20 17:00:00 20.216667 20.216667 19.130683
2020-12-19 17:00:00 18.628617 18.628617 18.640164
2020-12-18 17:00:00 20.269695 20.269695 18.286167
2020-12-17 17:00:00 18.289052 14.418232 17.949613

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 23.170732 23.170732 23.363071
2020-12-22 17:00:00 17.632653 17.632653 23.464443
2020-12-21 17:00:00 36.721992 15.824765 23.527463
2020-12-20 17:00:00 29.687500 29.687500 24.304693
2020-12-19 17:00:00 23.221937 23.221937 24.463978
2020-12-18 17:00:00 25.109361 25.109361 24.870331
2020-12-17 17:00:00 28.376535 36.587511 24.888640

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 21.041830 21.041830 20.174136
2020-12-22 17:00:00 20.243491 20.243491 20.638409
2020-12-21 17:00:00 21.566402 9.582409 20.938026
2020-12-20 17:00:00 21.749667 21.749667 21.462695
2020-12-19 17:00:00 20.426605 20.426605 22.115952
2020-12-18 17:00:00 22.502870 22.502870 22.849485
2020-12-17 17:00:00 25.296516 25.296516 23.537251

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 12.474950 12.474950 11.160041
2020-12-22 17:00:00 13.161711 13.161711 11.230445
2020-12-21 17:00:00 18.222722 5.044372 11.463159
2020-12-20 17:00:00 11.832061 11.832061 11.862491
2020-12-19 17:00:00 10.664740 10.664740 12.226067
2020-12-18 17:00:00 11.285545 11.285545 12.660851
2020-12-17 17:00:00 14.242147 14.242147 13.260353

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 3.840683 3.840683 7.073246
2020-12-22 17:00:00 5.069124 1.564723 7.151851
2020-12-21 17:00:00 16.144975 16.144975 7.101935
2020-12-20 17:00:00 8.083442 8.083442 6.904687
2020-12-19 17:00:00 6.524634 6.524634 6.892453
2020-12-18 17:00:00 8.680143 8.680143 6.862853
2020-12-17 17:00:00 7.957245 7.957245 6.786851

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 24.349442 24.349442 38.121997
2020-12-22 17:00:00 27.419355 27.419355 38.826271
2020-12-21 17:00:00 33.858268 33.858268 40.927852
2020-12-20 17:00:00 43.694494 43.694494 42.251581
2020-12-19 17:00:00 43.237251 43.237251 42.810071
2020-12-18 17:00:00 40.430622 40.430622 44.260103
2020-12-17 17:00:00 46.742671 46.742671 45.026860

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 27.351916 27.351916 36.853714
2020-12-22 17:00:00 48.571429 48.571429 36.936843
2020-12-21 17:00:00 21.532847 21.532847 37.803979
2020-12-20 17:00:00 60.674157 60.674157 39.055197
2020-12-19 17:00:00 30.098684 30.098684 38.995903
2020-12-18 17:00:00 53.747323 53.747323 39.336505
2020-12-17 17:00:00 74.198718 27.483974 38.375772

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 30.155139 30.155139 24.832684
2020-12-22 17:00:00 19.941133 19.941133 23.460576
2020-12-21 17:00:00 27.191811 27.191811 22.714985
2020-12-20 17:00:00 36.959429 36.959429 22.321905
2020-12-19 17:00:00 26.473029 26.473029 21.873978
2020-12-18 17:00:00 -1.134286 39.107951 21.403558
2020-12-17 17:00:00 13.940638 13.940638 20.898186

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 19.966087 19.966087 27.831277
2020-12-22 17:00:00 22.937942 22.937942 27.299828
2020-12-21 17:00:00 32.150143 32.150143 27.201917
2020-12-20 17:00:00 35.031001 35.031001 28.054935
2020-12-19 17:00:00 33.699098 33.699098 28.700804
2020-12-18 17:00:00 32.565056 32.565056 29.487905
2020-12-17 17:00:00 25.936669 25.936669 29.934316

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 7.025333 7.025333 9.200658
2020-12-22 17:00:00 7.461476 11.557178 9.063709
2020-12-21 17:00:00 14.768772 14.768772 9.087361
2020-12-20 17:00:00 8.921400 8.921400 9.002148
2020-12-19 17:00:00 11.062591 11.062591 8.830785
2020-12-18 17:00:00 6.745562 6.745562 8.582730
2020-12-17 17:00:00 7.386990 7.386990 8.410861

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 16.044070 16.044070 17.424328
2020-12-22 17:00:00 17.399766 17.399766 17.521763
2020-12-21 17:00:00 16.971081 22.475901 17.604733
2020-12-20 17:00:00 17.277487 17.277487 17.637023
2020-12-19 17:00:00 19.900272 19.900272 17.617925
2020-12-18 17:00:00 14.401103 14.401103 17.796785
2020-12-17 17:00:00 15.425438 15.425438 17.855559

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 10.786015 10.786015 12.718558
2020-12-22 17:00:00 10.582192 12.683824 12.770496
2020-12-21 17:00:00 21.023256 12.088794 12.999597
2020-12-20 17:00:00 12.274460 12.274460 13.251923
2020-12-19 17:00:00 13.581489 13.581489 13.428565
2020-12-18 17:00:00 14.005450 14.005450 13.776243
2020-12-17 17:00:00 15.186246 15.186246 14.043575

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 15.668663 15.668663 15.494123
2020-12-22 17:00:00 9.982487 9.982487 15.425515
2020-12-21 17:00:00 102.500000 15.025126 15.010925
2020-12-20 17:00:00 13.663845 13.663845 15.167669
2020-12-19 17:00:00 11.941112 22.694301 15.465330
2020-12-18 17:00:00 16.765053 16.765053 15.755374
2020-12-17 17:00:00 18.218623 18.218623 15.865237

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 7.586207 7.586207 14.526922
2020-12-22 17:00:00 20.000000 13.333333 14.973110
2020-12-21 17:00:00 9.183673 9.183673 15.313856
2020-12-20 17:00:00 36.065574 36.065574 15.831549
2020-12-19 17:00:00 13.068182 13.068182 16.555255
2020-12-18 17:00:00 24.000000 24.000000 16.658628
2020-12-17 17:00:00 13.669065 13.669065 16.967728

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-23 17:00:00 64.273406 64.273406 68.427339
2020-12-22 17:00:00 64.870554 64.870554 68.017330
2020-12-21 17:00:00 74.395161 74.395161 68.507455
2020-12-20 17:00:00 88.840413 88.840413 69.054890
2020-12-19 17:00:00 56.448763 56.448763 67.959173
2020-12-18 17:00:00 68.919804 68.919804 68.344422
2020-12-17 17:00:00 71.091731 71.091731 68.307968

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 26.288660 26.288660 20.299910
Basilicata 14.754098 14.754098 14.811329
Calabria 8.682360 10.046620 9.745886
Campania 22.838185 22.838185 11.850920
Emilia-Romagna 23.693599 33.945435 33.209595
Friuli Venezia Giulia 33.311646 33.311646 32.980879
Lazio 16.004060 21.214684 20.196981
Liguria 23.170732 23.170732 23.363071
Lombardia 21.041830 21.041830 20.174136
Marche 12.474950 12.474950 11.160041
Molise 3.840683 3.840683 7.073246
P.A. Bolzano 24.349442 24.349442 38.121997
P.A. Trento 27.351916 27.351916 36.853714
Piemonte 30.155139 30.155139 24.832684
Puglia 19.966087 19.966087 27.831277
Sardegna 7.025333 7.025333 9.200658
Sicilia 16.044070 16.044070 17.424328
Toscana 10.786015 10.786015 12.718558
Umbria 15.668663 15.668663 15.494123
Valle d'Aosta 7.586207 7.586207 14.526922
Veneto 64.273406 64.273406 68.427339
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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